Аббревиатура ОРИ не зафиксирована ни словарем сокращений, ни орфографическим словарем. Закономерным и наиболее удобным для произношения представляется вариант [ори́]. Аббревиатуры, состоящие из сочетания гласная буква + согласная + гласная, обычно являются звуковыми, например: АГО [аго́] (автогражданская ответственность), АСУ [асу́] (автоматизированная система управления), ИТУ [иту́] (исправительно-трудовое учреждение), ОЗУ [озу́] (оперативное запоминающее устройство).

Вряд ли аббревиатуры из той же тематической группы ОРВИ и ОРЗ, которые произносятся как [оэрви́] и [оэрзэ́], могут повлиять на ОРИ и мотивировать произношение с начальным сочетанием [оэр]. После твердого согласного звук [и] не произносится, он меняется на [ы]. Но с конечным [ы] аббревиатура станет трудноузнаваемой. 

Вы написали всё верно.

Ответить на Ваш вопрос нам помогла Александра Борисова, кандидат химических наук, научный журналист.

Коронавирус – это группа вирусов. Вирус, который беспокоит сегодня весь мир, – SARS-CoV-2. (Известны также коронавирус SARS-CoV, возбудитель атипичной пневмонии, первый случай заболевания которой был зарегистрирован в 2002 году; коронавирус MERS-CoV, возбудитель ближневосточного респираторного синдрома, вспышка которого произошла в 2015 году.) COVID-19 – болезнь, которую вызывает вирус SARS-CoV-2. В разговорной речи всю эту группу понятий можно называть коронавирусом.

Сравните с названиями других вирусов и заболеваний.

ВИЧ – это вирус. СПИД – это болезнь, которую вызывает ВИЧ.

Грипп – это группа вирусов. Также называют и болезнь, которую вызывает вирус гриппа. А вот свиной грипп, птичий грипп – это уже типы вирусов гриппа (их еще иногда обозначают буквами и цифрами, например свиной грипп H1N1). 

Рекомендации по употреблению названий коронавирус и COVID-19 можно дать такие.

COVID-19 корректно говорить о болезни, но не о вирусе. Коронавирусом можно назвать и вирус, и болезнь (ср. пример с гриппом). 

То есть можно сказать о болезни: У него коронавирус. А если нужно подчеркнуть, что речь идет о самом вирусе, – тогда правильно: коронавирус SARS-CoV-2.

Однако нужно учитывать, что коронавирус в значении 'болезнь' – это разговорное, бытовое употребление. Сочетание  термина COVID-19 со словом коронавирус в бытовом значении 'болезнь' невозможно, а в терминологическом значении 'вирус' неправильно. Нельзя болезнь (комплекс симптомов) называть вирусом. Но допустимо сочетание коронавирусная инфекция COVID-19, потому что инфекция – это болезнь.

Инфекция и инфицировать - заимствованные слова. Написание их корней соответствует написанию в языке-источнике (в латыни).

Интересный вопрос. Видимо, зараза здесь в более общем значении 'то, что разит кого-либо' (ср.: любовь сразила); 'то, что передается от человека к человеку'. В словаре Даля отмечено диалектное заразиться 'влюбиться'.

1. Верно: герпес-вирусная инфекция.

2. Корректно написание с пробелом.

Верно: трансфицировать (как инфицировать).

Если под "И" скрывается слово "инфекция", то корректно: ОРВИ опасна (опасны).

Пишутся через дефис сложные слова с первой частью – аббревиатурой: ВПЧ-тест, ВПЧ-инфекция, ВПЧ-тестирование.

А какой смысл Вы хотите передать этой фразой?