В названиях музеев с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные: Музей кукол, Государственный Русский музей, Государственный музей изобразительных искусств им. А. С. Пушкина.
В словарях "художественное" слово изо - только как первая часть сложных слов: изостудия, изокружок. В значении "изобразительное искусство" самостоятельное слово изо имеет разговорно-просторечную окраску.
Вы правы, это не аббревиатура, т. е. не сложносокращенное слово. Более того, как первая часть сложных слов изо- пишется строчными в сложных словах, таких как изостудия. Это усеченное слово, которое пишется строчными буквами (ср.: рация - радиостанция, кино - кинематограф, фото - фотография и т. д.).
Большие буквы не нужны. Верно: изо.
Для постановки этой запятой нет оснований.