О правильности употребления кавычек в приведенном Вами примере говорить не приходится, т. к. сам подобный принцип составления библиографической записи некорректен. Если в книге приведено условное название издательства в кавычках (издательство «Просвещение»), в библиографическом описании слово издательство отбрасывают: М.: Просвещение. Если же в книге условному названию в кавычках предшествует не слово издательство, а другие слова, обозначающие родовое название организации-издателя (акционерное общество, издательский дом  и т. д.), тогда кавычки в библиографическом описании сохраняются, напр.: М.: ИД «Искатель», 1998. См.: Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. Справочник издателя и автора. М., 2003.

Пунктуация корректна.

В таком случае нужно оставить примечание о том, что цитаты по каким-либо причинам приводятся с сокращением или изменением текста.

Слово раскопки в значении 'работа по извлечению из земли предметов древности; место, где производятся такие работы' – существительное pluralia tantum (употребляющееся только в формах множественного числа).

Вы привели предложение не полностью, но уже видно, что деепричастный оборот употреблен в нем неправильно. Деепричастие должно соотноситься с подлежащим данного предложения. Корректно: ...поскольку при извлечении впившейся особи высок риск... или ...поскольку, извлекая впившуюся особь, вы рискуете...