Правильно: на атолле. Ср.: на острове.
Правильно: возле устьев рек.
Запятая возможна. Она покажет, что оборот возле билетной кассы является уточняющим обстоятельством.
В разговорной речи эта аббревиатура склоняется.
Слова на вилле во Флоренции выступают как уточняющий член предложения, поэтому выделяются запятыми.
Запятая поставлена правильно.
В зависимости от интонации следует поставить запятую или тире.