Верно: в зараженной акватории. Вариант с предлогом на, возможно, свойствен профессиональной речи.
Орфографический словарь
1. Правильно лишь: овощи, зараженные радионуклидами. 2. Правильно без кавычек: черный список, занести в черный список.
Запятая перед союзом или не нужна, т. к. он соединяет однородные придаточные предложения.