Правильно: заведующий отделом.
Корректно: заведующий (чем?) теоретическим отделом.
Правильно: заведующий кафедрой.
Правильно: заведующий отделением.
Корректно: заведующий учебной частью.
Правильно: заведующий тарным складом.
Верен второй вариант.