Огнём и мечом - с беспощадной жестокостью, уничтожая все. Выражение восходит к изречению Гиппократа: «Что не исцеляет лекарство, то исцеляет железо, что не может исцелить железо, то исцеляется огнем». 

...Огнём и мечом - с беспощадной жестокостью, уничтожая...

...Огнём и мечом ...

ПО УКАЗАНИЮ (кого, чего, чьему), в составе обстоятельственного оборота Обстоятельственные обороты «по указанию (кого-либо, чего-либо, чьему-либо)» могут обособляться с целью интонационно-логического выделения. Потом две пары французов подошли к преступникам и взяли, по указанию офицера, двух острожных, стоявших с края. Л. Толстой, Война и мир. ...Животное, словно предчувствуя свою участь, упиралось и ревело. По указанию Горохова, его привязали к колышку в двухстах шагах от землянки.

...ПО УКАЗАНИЮ (кого, чего, чьему), в составе обстоятельственного...

...По указанию (кого, чего, чьему)...

ПРИ ВСЁМ (ПРИ) ТОМ, наречное выражение Не требует постановки знаков препинания. Но я не стану говорить об утках собственно пролетных: это завело бы меня слишком далеко и при всём том дало бы моим читателям слабое и неверное понятие о предмете. С. Аксаков, Записки ружейного охотника Оренбургской губернии. И при всём при том что-то между ними, конечно, есть, сила какая-то, как я это понимаю, потому что ни прижать их, эти диски, друг к другу, ни растащить их ...

...ПРИ ВСЁМ (ПРИ) ТОМ, наречное выражение Не требует...

...При всём (при) том...