Оба варианта верны.

Вопрос сформулируйте, пожалуйста.

Верно: доставленные неудобства.

Устойчивый оборот иметься в виду пишется в три слова. См. словарную фиксацию. Обратите внимание на ошибку в окончании, правильно: при составлении запроса.

Это довольно объемный вопрос, на который не получится ответить в режиме "Справочного бюро". Вы можете прочесть об этом, например, в "Справочнике по правописанию и стилистике" Д. Э. Розенталя (раздел "Порядок слов в предложении").

Корректно: 719 454 накладных было доставлено...

Если сочетание при составлении форм отчётности мыслится автором как пояснение к наречию теперь (раньше формы отчетности не составляли, а теперь составляют, и необходимо пояснить, что значит теперь в данном случае), то это сочетание нужно обособить. Если же имеется в виду, что раньше формы отчетности составляли по одним правилам, а теперь по другим, то знаки препинания в предложении не нужны.