Мужскую фамилию Байкал следует склонять вне зависимости от ее происхождения, однако следует также учитывать пожелания носителя фамилии.
В справочнике указаны подобные примеры: За огородом следовали крестьянские избы, которые хотя были выстроены врассыпную и не заключены в правильные улицы, но показывали довольство обитателей.