Вариант за многолетний добросовестный труд и в связи с 15-летием кажется лучшим из предложенных.

В приведенном предложении слово предприятие нужно написать со строчной буквы. 

В целом формулировка корректна, но название праздника не нужно заключать в кавычки: ...и в связи с профессиональным праздником – Днем работника химической промышленности.

Указанная запятая не требуется.

Эти определения, как правило, не выступают в качестве однородных и не соединяются союзом И.

Предложение построено не вполне корректно, так как слова за долголетний добросовестный труд, заслуги в развитии топливно-энергетического комплекса Кинельского района, внедрение новых технологий, внёсших существенный вклад в совершенствование производства, повышение производительности труда воспринимаются как причина ходатайства, а не причина награды. Это некорректно. Предложение следует перестроить.

Возможный вариант: В связи с профессиональным праздником Днём энергетика ходатайствуем перед Министерством энергетики РФ о поощрении особо отличившихся и внёсших значительный вклад в развитие топливно-энергетического комплекса работников ОАО «Энерго» ведомственными наградами за долголетний добросовестный труд, заслуги в развитии топливно-энергетического комплекса Кинельского района, внедрение новых технологий, внёсших существенный вклад в совершенствование производства, повышение производительности труда.

Грамота оформляется точно так же:

Награждается

Иванов Иван Иванович,

водитель предприятия Х (город У),

за многолетний добросовестный труд.

Директор предприятия Х Петров Петр Петрович

Верно: Награждается Иванов Иван Иванович, водитель предприятия Х (город У), за многолетний добросовестный труд. Директор предприятия Х Петров Петр Петрович (точка после подписи не требуется).

Лучше с союзом И, чтобы избежать прочтения "активную позицию в связи с 50-летием".

Определения добросовестный и плодотворный при соответствующей интонации могут выступать как однородные и разделяться запятой. Но обычно запятая в этом сочетании не ставится.