Корректно: в городе Самаре, в городе Москве.
Правильно склонять: в городе Геленджике, города Геленджика.
См. "Горячие вопросы".
Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о, обычно не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Яровое (это название не склоняется, т. к. при склонении сложно будет восстановить исходную форму: в городе Яровом – это город Яровой или город Яровое?).
Правильно: в городе Москве, в городе Екатеринбурге. См. подробно в «Письмовнике».
Это название в сочетании с родовым наименованием город не склоняется. Подробнее см. в «Письмовнике».