Правильно: дом в Вокзальном переулке. Сочетаемость предлогов в и на с существительными обусловлена традицией (в переулке – на улице). Видимо, дело в том, что переулок больше связан с представлением об ограниченном пространстве.
Верно: Магазин переехал и находится по адресу: улица Вокзальная, 1.
Увы, предположение неверно. Названия улиц, начинающиеся с части Ново, принято писать слитно. Но в ряде случаев сохраняется традиционное (ничем, кроме традиций, не объяснимое) дефисное написание.