Наконец в значении 'под конец, напоследок, после всего' не является вводным и не выделяется. Корректно: Добавьте половину взбитых яиц, хорошо перемешайте, затем еще половину, опять перемешайте и наконец – оставшиеся яйца.
Во втором примере дополнительные знаки препинания не нужны: Наконец-то вышла новая серия передач...
Запятую ставить не нужно.