Все запятые, кроме запятой перед союзом и, лишние. Верно: Все остальные установленные Вами программы будут относиться к окошку «Рабочий стол», и взаимодействовать с ними можно будет лишь в нем.
Возможна.
В Вашем предложении можно поставить или не поставить запятую.
Предпочтительно употребление формы ед. ч. существительного.