Верно: в бухте Средней. Подробнее см. в "Письмовнике".
Лучше всего посмотреть на карте.
В «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указано, что топонимы в сочетании с географическим термином бухта обычно не склоняются. Исключение составляют случаи, когда топонимы выражены именами прилагательными: в бухте Котор, но в Сиднейской бухте.
См. ответ на вопрос № 176838.
Эти слова могут быть синонимами, но не в любом контексте. Подробнее см. в словарях.
См. в «Словаре трудностей».