Оба варианта возможны, выбрать следует исходя из контекста.
Правильно: 4 системных блока, 3 компьютерных процессора, 6 игровых автоматов.
Да, если компания так называется, кавычки нужны: компания «Системный оператор». Условные названия организаций заключаются в кавычки.
Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.