Лучше: руководитель группы.
Оба варианта неудачны: непонятно, кто кого контролирует (руководство предприятия контролирует рабочую группу? руководство контролирует предприятие рабочей группы? предприятие контролирует руководство рабочей группы?).
В именительном и винительном падежах - наём. В других падежах Ё исчезает.
Верно: стоимость изготовления одного дополнительного, 6-го (шестого) комплекта рабочей документации.
Правилен первый вариант.
Запятая не нужна.
Второй вариант (без повтора предлога) лучше.