А. С. Пушкин — это, конечно, не одно слово, а три, только два из них сокращены. Первые буквы имени и отчества, или имени и фамилии, или имени, отчества и фамилии называются инициалами. Инициалы относятся к графическим сокращениям. Приведем другие примеры графических сокращений: зав. кафедрой, Ин-т рус. яз. Все графические сокращения не являются словами в отличие от аббревиатур (сложносокращенных слов). Примеры аббревиатур: завкафедрой, ИРЯ (Институт русского языка). О графических сокращениях и аббревиатурах можно почитать в правилах орфографии.
Заглавная буква не в начале слова встречается в дефисно пишущихся сочетаниях (например, Нью-Йорк, пол-Европы), аббревиатурах (например, КамАЗ). Модное веяние нашего времени — писать заглавную букву в словах-названиях типа АвтоМотоКлуб, но такое написание не закреплено правилами орфографии и не рекомендуется.
В общих руководствах по правописанию для подобных названий правила нет. Слитное, раздельное, дефисное написание иностранных географических названий подчиняется особым правилам, их называют правилами русской передачи географических названий, и они разные для разных языков или групп языков. Но Вы правы в том, что части иностранных названий по-русски пишутся, как правило (а может быть, и всегда), через дефис. Полагаем, что на эту тенденцию нужно ориентироваться и при написании вымышленных названий.
Иностранные слова, вошедшие в русский язык, постепенно подчиняются законам принявшего их языка, в том числе орфографическим. О них можно прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».
Если имеется в виду Ратуша Нью-Йорка, то следует писать с большой буквы: Сити-Холл.
Слова в этом году и из-за этого являются общими второстепенными членами, запятые не требуются. Обратите внимание, что во второй части первого предложения местоимение у них формально может указывать на истребители, а не на ВВС.
Аналогия применима. Корректно: Нью-Йоркский метрополитен (собственное наименование), но нью-йоркское метро (передача разговорного употребления) – как Московский метрополитен (официально) и московское метро (неофиц.).
Запятая не нужна. Обратите внимание: правильно – Нью-Йорк.
По-русски название этого города пишется через дефис. Правильно: Стара-Загора. Многие иноязычные географические названия, которые в языке-источнике пишутся раздельно, по-русски пишутся через дефис, ср.: Нью-Йорк (англ. New York), Буэнос-Айрес (исп. Buenos Aires) и др.
Да, в таких случаях обе части пишутся с большой буквы: Нью-Йоркская фондовая биржа.
Иноязычные географические названия склоняются в сочетании со словом город, если они хорошо известны, если они освоены русским языком (в городе Нью-Йорке, из города Мадрида). Малоизвестные географические названия остаются без изменений. Название Эльблонг не так известно носителям русского языка, поэтому корректно: в городе Эльблонг. Впрочем, если это сочетание встречается, например, в газете, выходящей в Калининградской области (жителям которой название города наверняка хорошо известно), можно написать и в городе Эльблонге.