Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.
Лучше всего использовать такой вариант: Совет при Учреждении Российской академии наук «Вычислительный центр РАН».
Эти слова пишутся без запятых.
Словарь имён собственных
ОДОЕВСКИЙ Александр, Одоевского Александра (князь, поэт-декабрист)
ОДОЕВСКИЙ Владимир, Одоевского Владимира (князь, писатель, муз. критик)
ОДОЕВСКИЙ Никита, Одоевского Никиты (князь, гос. и воен. деятель, боярин)
Лучше так: объектам недвижимости, расположенным по адресу г. Самара, Красноглинский р-н...
Правильно: г. Уфы.
Верно: г-ну Кочерге (если именительный падеж - Кочерга).
Пробел после сокращений перед следующим словом ставится. Пробел – признак нового слова.
По правилам, действительно, нужно писать с двумя дефисами.