«Объяснительный русский орфографический словарь-справочник» (Ин-т русского языка им. В. В. Виноградова РАН; Е. В. Бешенкова и др. М., 2015) сообщает о сочетании (в)глубь следующее:

вглубь 1) пишется слитно как наречие от существительного (глубь), принадлежащего к закрытому ряду слов с простран­ственным или временным значением (распростра­ниться вглубь и вширь, проблему не решили, а загнали вглубь); 2) закрепившееся слитное написа­ние предлога (зверь забился вглубь норы). ◊ Не путать с сочетанием предлога и существительного, управляющего другим существительным, напр.: в глубь океана; в глубь веков; в глубь души; вникать в глубь, в суть проблемы; в глубь времён; вышел из распахнутых в глубь дома дверей. Поскольку в современном языке дан­ный предлог находится еще в стадии формирования, то разница между сочетанием с предлогом вглубь дома и сочетанием существительных в глубь океана трудно уловима, поэтому в данных сочетаниях вполне возможно вариативное написание. (Статья приведена с некоторыми сокращениями.)

В предложении Настоящий геолог проникает (в)глубь Земли слово глубь вполне соответствует значению, зафиксированному в «Большом толковом словаре русского языка» (под ред. С. А. Кузнецова), – ‘место или пространство, расположенное на большом расстоянии от поверхности земли или воды’. Поэтому в данном случае более обоснованным представляется раздельное написание.

В обоих случаях ставится запятая.

Слово Земля пишется с большой буквы как астрономический термин (название планеты), например: расстояние от Земли до Венеры составляет... Другие случаи написания с большой буквы: в значении 'наземный центр руководства полетами' (команда с Земли), а также в названиях островов, архипелагов, полуостров, некоторых территорий: Новая Земля, Огненная Земля.

В приведенном отрывке слово земля не употребляется как астрономический термин. Оно синонимично здесь словам мир, свет: мальчику казалось, что больше была не планета Земля (вид из космоса), а весь мир вокруг него. В этом значении правильно написание строчными.

В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой употребление предлога в в сочетании со словом Крым объясняется тем, что Крым воспринимается как пространство, частично ограниченное горами (а с представлением об ограниченном пространстве связано употребление предлога в).

Здесь пазуха  - это "пространство между грудью и прилегающей к ней одеждой; пространство между одеждой в области груди".

Если обозначается время или пространство, сказуемое при подлежащем – счетном обороте обычно ставится в единственном числе: прошло три часа.

Верно слитное написание, так как здесь нет противопоставления и зависимых слов.

Закрывающую оборот запятую нужно поставить.

Все эти слова есть в электронных словарях на нашем портале. Проверьте, пожалуйста!

Лучше: называется космосом, называем космосом.