Вынуть – единственное в русском языке слово без корня. Конечно, когда-то в этом слове корень был, но утратился вследствие исторических преобразований.
Большинство словарей признают варианты нулевой и нолевой равноправными. Так что выбор за Вами.
В слове яблоня перед ня стоит не согласная, а гласная, поэтому в род. п. мн. ч. его основа оканчивается на мягкую согласную.