Предпочтительно: Ведь, несомненно, знали они её секрет.

Действительно, за последние годы литературная норма несколько смягчилась. Хотя и во времена СССР у многих слов были равноправные варианты постановки ударения, общая тенденция замечена Вами верно. В последние десятилетия произошла своего рода «демократизация» нормы: многое из того, что раньше запрещалось словарями, теперь стало допустимым, а иногда и предпочтительным. Причин тому несколько.
Во-первых, орфоэпические словари прежде были ориентированы не только на широкий круг носителей языка, но и (и даже в первую очередь) на дикторов радио и телевидения, в речи которых не должно было быть никакого разнобоя. Поэтому варианты в большинстве случаев не указывались; двоякое ударение в словах приводилось только тогда, когда при всем желании невозможно было отдать предпочтение одному из вариантов. Сейчас же многие словари стремятся отразить динамику литературной нормы, поэтому иногда в них приводятся как допустимые и такие варианты, которые еще не являются эстетически приемлемыми для всех носителей языка (например, дОговор, нет носок), но, несомненно, станут таковыми в будущем.
Во-вторых, изменилось отношение лексикографов к вариантности нормы. Вот, например, цитата из предисловия к орфоэпическому словарю русского языка 1959 года издания: «Наличие колебаний (вариантов) часто нарушает правильность речи и тем самым понижает доходчивость ее. Это особенно нетерпимо для различных форм устной публичной речи». Сейчас такая нетерпимость прошла; по мнению многих лингвистов, лексикографическая деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований» (К. С. Горбачевич).
Наконец, перемены в языке наступили вслед за переменами в общественно-политической жизни. Сейчас пришло понимание того, что следование норме включает в себя и умение выбирать соответственно ситуации речевого общения. Другими словами, наряду с однозначными правилами норма предполагает и возможность выбора. Это различие очень удачно сформулировал Б. С. Шварцкопф (в статье о кавычках) как различие между правилом и правом. Право на выбор (в том числе и выбор варианта языковой единицы) и признание права другого носителя языка на иной выбор – это важнейшая составляющая речевого общения.

Предпочтительно: Несомненно одно: в будущем в визуализации дизайна будут преобладать цифровые технологии –- двухмерная, трехмерная или виртуальная среда.

Корректно: Не вторгаясь во внутриполитический подтекст авторского замысла -— он, несомненно, присутствует и требует внимания рецензентов, -— ограничимся констатацией факта: вышла интересная и своевременная книга.

Пунктуация верна.

Верно написание через тире с пробелами.

В приведенном примере по определению корректно обособить как вводное сочетание, указывающее на источник информации. По определению может быть наречием в значении «несомненно», в этом случае оно не выделяется.

Слово несомненно может выступать как вводное и может быть необособленным обстоятельством. Вопрос о пунктуации решает сам автор текста.

Корректно: ...можно выделить ряд не решенных на сегодняшний день, но несомненно важных для дирекции проблем.

В функции вводного слова (в значении «конечно») слово несомненно обособляется.