Большой толковый словарь
Слова в том числе не являются вводными. Запятая после них не нужна.
Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Слово непосредственно не нужно выделять запятыми. Слово вузы пишется строчными буквами. Тире перед скобками лишнее.
Слово соответственно здесь используется в значении «следовательно, значит» и является вводным. Запятая после соответственно нужна.
Обороты, присоединяемые предлогом включая, обычно обособляются запятыми (см. «Справочник по пунктуации»). В Вашем предложении оборот лучше выделить скобками, чтобы сразу было понятно, что слово синусит входит в ряд однородных членов заложенности, ринита, синусита. Запятая перед скобками не ставится.
Пунктуация верна.
Обособляются запятыми приложения с союзом как, имеющие значение причины. В данном случае приложение документом более высокого значения может иметь значение причины и обособляться.
Предпочтительная пунктуация: Действующее требование к максимальному количеству этажей: «Четыре этажа, при этом допускается размещение дополнительного мансардного этажа в скатных крышах при соблюдении максимальной высоты зданий, строений, сооружений в соответствии с Правилами землепользования и застройки» — заменено новым: «Четыре этажа, включая мансардный».
Если Вы приводите точные цитаты из законов, знаки препинания в этих цитатах лучше расставлять так же, как в оригинале.
Знаки препинания расставлены верно. Склонять нужно: с поставщиком – обществом с ограниченной ответственностью «ДиСиЛоджик».
Корректно: в 1990–2000-е годы.