Трудно судить о правильности фразы вне контекста. Что такое "посадка церквей"?
Нет, фраза некорректна.
Лучше: ...является приоритетным направлением.
Предложение построено некорректно, его следует перестроить. Неясно,к чему относятся слова за долгие годы. Возможно, следует написать впервые за долгие годы? Кроме того, непонятно, чем отличается укрепление и усиление в данном случае. Поэтому мы пока что не можем дать рекомендаций о расстановке знаков препинания.
Верно: вклад в укрепление.
Да, по-русски правильно: Алма-Ата. Эта форма закрепилась в русском языке, несмотря на то что по сути своей она ошибочна. История названия города такова: в 1854 году в урочище Алматы (в переводе с казахского 'яблочное') заложено укрепление, первоначально названное Заилийское, но вскоре получившее название Верное; позднее город Верный. В 1921 г. городу было решено вернуть национальное название, но вместо правильной формы Алматы в качестве официальной ошибочно принята форма Алма-Ата, где алма 'яблоко', ата 'отец'. Сейчас в Казахстане название города употребляется в форме Алматы, но в русском языке по-прежнему используется форма Алма-Ата.