Правильно: в тридцать девять школ-интернатов.
Между подлежащим и сказуемым одной грамматической основы никогда не ставится запятая.
Правильно: пять процентов, девять с половиной процентов (форма процента употребляется с числительными два, три, четыре и составными числительными, оканчивающимися на два, три четыре: два процента, тридцать четыре процента).
Правило простое: при дробных числительных существительное употребляется в форме единственного числа родительного падежа: 4,3 рубля, 67,84 километра, 2,89 миллиарда. Слово доллар уже не зависит напрямую от числительного, поэтому ставится во множественном числе: 2,89 миллиарда (чего?) долларов.
Поэтому верно: Две целых восемьдесят девять сотых миллиарда долларов; одна целая тридцать одна сотая миллиарда долларов.