Простая сравнительная степень от этого прилагательного не образуется.
Сравнительная степень прилагательного пустой – пустее. Однако она употребляется нечасто.
Кандидат – многозначное слово. Одно из значений Вы привели. В сочетании кандидат каких-либо наук слово кандидат употребляется во втором значении – 'младшая ученая степень, а также лицо, имеющее эту степень'.
Степеней у придаточных предложений не бывает. Но бывают придаточные предложения меры и степени, возможно, Вы имеете в виду их? Придаточное меры и степени – это придаточное предложение, отвечающее на вопросы насколько? в какой мере? до какой степени? и указывающее на степень качества или степень действия. Например: Сильвио был слишком умен и опытен, чтобы этого не заметить.
По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.
Следует поставить тире. Оно выделяет приложение со значением пояснения (слова высокую степень централизованности).
Ученая степень и ученое звание разделяются запятой.