Да, верно: стакан со ста миллилитрами воды.

Такое сочетание не ошибочно, оно встречается в художественной литературе. Например: А хуже всего было то, что, когда он произнёс эту свою шутку богатого гуляки, я заметил, что она улыбнулась в уже пригубленный стакан, и улыбнулась довольно язвительно. Ф. Искандер, Письмо. Даже стакан, пригубленный Вальганом, хотелось выбросить. Г. Николаева, Битва в пути.

Оба варианта верны. Второй - с разговорным оттенком.

Вводные слова не отделяются запятой от союзов, стоящих в начале предложения (см. параграф 95 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): А по-вашему, что в стакан наливают?

Оба варианта соответствуют нормам русского литературного языка. 

См. ответ № 201811.

Обе формы родительного падежа имеют право на существование в подобных конструкциях.

Корректно: В этот момент она бросила стакан на пол, и тот разбился на кусочки. Им начинало казаться, что еще немного – и они оторвутся от погони. Ему казалось: стоит этим предметам появиться в доме – и больше не к чему будет стремиться.