Тире не нужно.

У причастий есть зависимое слово им, поэтому следует писать раздельно: не учитываемый и не управляемый им остаток.

Корректно: пребудут навсегда. (Пребывать — неизменно оставаться, сохраняться.)

В исторических наименованиях написание "розыскной" может сохраняться. Но в современной письменной речи правильно рАзыскной. Специалист-историк – сочетание с приложением.

В словарях ударений слово скрипт пока не зафиксировано. Но в некоторых толковых и орфографических словарях отмечается, что ударение в формах этого существительного должно сохраняться на основе (скрИпта, скрИпту). По Зализняку это та же модель, что и у слова завод. Ей же соответствуют другие слова мужского рода, оканчивающиеся на пт, например: рескрипт, манускрипт.

Если на стыке основ образуется удвоенная согласная, то это удвоение должно сохраняться, чтобы, как писал М. В. Ломоносов, не закрывать следы произвождения и сложения речений. Ясность структуры слова особенно важна для терминов. Соединение основ фальш- и шток- должно образовывать слово фальшшток. Написание фальшток может быть воспринято как соединение основ фальш- и ток-. Конечно, удвоение ш нехарактерно для русского языка, поэтому у пишущего может возникнуть желание разделить части дефисом. Если бы существовала устойчивая традиция дефисного написания, то слово могло бы претендовать на включение в словарь с дефисом, как исключения из правила. Но в отсутствие такой традиции предпочтительно написание по правилу. 

Предлог служит для выражения синтаксической связи между словами в словосочетании, он не называет предмет (как существительное), действие (как глагол), признак (как наречие). Производный предлог, образовываясь от знаменательного слова, обретает новое лексическое значение, отличное от значения мотивирующего слова. Например, предлог насчет (узнать насчет отпуска) означает «относительно кого-либо, чего-либо» и со значениями существительного счет смысловой связи не имеет.

Однако часто связь – более или менее тесная – со значением мотивирующего слова может сохраняться. Чем теснее эта связь, тем затруднительнее определить, стало ли знаменательное слово служебным или еще нет. Например, предлог в течение (в течение трех часов) сохраняет метафорическую связь с существительным течение. 

Если необходимо узнать, признается ли то или иное сочетание предлогом или еще нет, можно обратиться к академической «Русской грамматике» или к специализированным словарям:

Объяснительный словарь русского языка. Структурные слова: предлоги, союзы, частицы, междометия, вводные слова, местоимения, числительные, связочные глаголы : около 1 200 единиц / под ред. В. В. Морковкина ; Гос. ин-т рус. яз. им. А. С. Пушкина. – Изд. 2-е, испр. – Москва : Астрель : АСТ, 2003. – 421, [4] с.

Рогожникова Р. П. Толковый словарь сочетаний, эквивалентных слову : около 1 500 устойчивых сочетаний русского языка / Р. П. Рогожникова. – Москва : Астрель : АСТ, 2003. – 414, [1] с.

Корректно: файлы сохраняются (где?) в папке.