Действительно, наличие придаточной части при подлежащем не названо в числе факторов, отменяющих тире между подлежащим и сказуемым-существительным (см. параграф 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). 

Поскольку здесь сказуемое следует за подлежащим (см. § 2246 Русской грамматики 1980 г.), а также подчеркивается, что действующие лица были разные, необходимо множественное число сказуемого: И Антон, и Роман писали диссертацию.

Верно: пуэрто-риканский (см. пункт 1 параграфа 129 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

Сочетанием относительных прилагательных выражаются неоднородные определения: летний оздоровительный лагерь; мраморные четырёхугольные колонны и т. д. (см. пункт 1 параграфа 10.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Соответственно, верно: военная оперативно-тактическая операция.

Самотлорское месторождение — географическое название, написание которого подчиняется правилу, приведенному в параграфе 169 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина; название Самотлорское нефтяное месторождение включено в «Словарь собственных имен». Сочетание месторождение «Самотлор» представляет собой условное наименование (Самотлор — озеро, рядом с которым находится месторождение), наподобие сочетаний типа остановка «Улица Лесная» (которая, возможно, находится не на улице Лесной, а рядом); см. параграф 175 того же справочника.

В таком контексте недоверенное — прилагательное (сравним значение слова доверенный в «Большом толковом словаре»: 'пользующийся, облечённый чьим-л. доверием'), обозначающее непринадлежность к какому-либо разряду явлений, а потому пишущееся слитно с не (см. пункт 2 параграфа 148 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

Возможен как тот, так и другой знак препинания (см. примечание к параграфу 36 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

В подобных контекстах сочетание в том числе не требует обособления, а кроме того, его употребление стилистически сомнительно. Подробнее см. в ответе на вопрос 313488, где разобран аналогичный случай.

Запятая после поясняющего согласованного определения перед определяемым словом не ставится (см. параграф 41 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Обратите внимание, что в предлодении Всё как я люблю не нужны знаки препинания.

Наличие предлога в случае перед отглагольным существительным является признаком того, что не с образует с этим существительным единое слово: в случае неперечисления (см. пункт 3 параграфа 148 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).