Выбор предлога зависит от значения слова "лоджия" (ср. 1 и 2, в последнем примере возможен предлог "на") и от предшествующего глагола.

ЛОДЖИЯ, -и; ж. [итал. loggia]
1. Здание, помещение, у которого вместо наружной стены открытая колоннада, решётка или парапет. Выставка устроена в лоджии.
2. Глубокая ниша в фасаде здания, используемая как балкон. Въехать в квартиру с лоджией. Застеклить лоджию. Поставить стол в лоджии.

Слово не зафиксировано в орфографическом словаре, но по правилу твердый знак необходим. Ср.: суперъяхта.

Правильно: обе стороны, с обеих сторон.

Ваш вариант пунктуации возможен. Если обстоятельство за этой башней является общим, т. е. Нижние ворота, как и башня Нижних решеток, находятся за первой из названных башен, то запятая перед союзом и на границе частей сложного предложения не нужна. Если же нет, то запятую нужно поставить.

Поставленная запятая не нужна.