В этимологических словарях слово варганить не описано. Предположение о его истории сделано в «Толковом словаре русского языка с включением сведений о происхождении слов» под ред. Н. Ю. Шведовой (М., 2011). Процитируем всю словарную статью:

ВАРГАНИТЬ, -ню, -нишь; несов., что (прост.). Делать, изготовлять что-н. (обычно плохо, наспех). || сов. сварганить, -ню, -нишь; -ненный. Быстро сварганил дельце.
 Возм., от варган ‘примитивный музыкальный инструмент’; заимств. через польск. из лат. organum ‘музыкальный инструмент, орган’.

Такое употребление корректно. Словари отмечают у слова доморощенный основное значение 'выращенный дома, в своем хозяйстве; домашний'. Значение 'не обладающий достоинствами, приобретаемыми систематическим изучением чего-либо, примитивный, заурядный' (доморощенный артист, доморощенные философы) – второе, переносное значение слова доморощенный.