По данным "Русского орфографического словаря" допустимо:
пиксел, -а, р. мн. -ов, счетн. ф. -сел (ед. измер.) и (в разг. проф. речи) пиксель, -я, мн. -и, -ей и -я, -ей (ед. измер.)
Пиксел - общеупотребительный вариант. Произношение пиксель характерно для разговорной профессиональной речи.
В авторитетных словарях это слово еще не зафиксировано. Рекомендуем писать его по аналогии со словом пиксел (пиксель). "Русский орфографический словарь" РАН фиксирует в качестве правильных оба варианта: пиксел и пиксель. Можно сделать вывод, что и в случае со словом воксел (воксель) можно использовать оба варианта.