Орфографически верно именно так: пра-Кубань. Первая часть сложных слов пра... пишется слитно, но перед прописной буквой слитное написание заменяется дефисным.
Второй вариант предпочтителен.
Возможен первый или второй вариант.
Слово Кубань (и как название реки, и как название региона) во всех случаях пишется с прописной буквы.