Наша позиция Вам известна. Что нужно комментировать – Ваше мнение?
Верная пунктуация:
При этом на отчетной неделе российские информационные ресурсы международных экологических организаций комментировали, помимо вопросов ЯРБ, также и экономические аспекты проектов и сделок ГК «Росатом» с зарубежными партнерами.
Выделять запятыми деепричастный оборот не следует, поскольку он тесно связан по смыслу со сказуемым: ...люди могут участвовать в данном процессе как просто наблюдая его, так и высказываясь...