Верно: кальмары жареные в томате (сначала пожарили, затем добавили томат); кальмары, жаренные в томате (прямо в томате их и жарили).
Такие слова, как кальмары, крабы, креветки, мидии, омары, устрицы, согласно большинству справочников, могут употребляться как неодушевленные и одушевленные существительные, если речь идет о пище, но только как одушевленные, если речь идет о живых существах. Впрочем, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка слова кальмар, краб, мидия, омар даны как одушевленные во всех значениях, поэтому лучше: Я приготовила кальмара. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Верно: кальмар дальневосточный.
В третьем предложении запятая факультативна.
Кальмар – существительное одушевленное. Правильно: варить кальмаров.