Это сложноподчиненное предложение, в котором союз как отделяет придаточную часть, неполную по структуре: Заготовки из пены не сжимают и не скручивают, как [это делают] при транспортировке на другую фабрику. 

Запятая не нужна: союз как здесь имеет значение «в качестве».

Глаголы выпекать и жарить переходные, то есть требуют дополнения в винительном падеже без предлога; в данном случае в роли этого дополнения выступает местоимение которые. Во втором варианте форма винительного падежа этого местоимения совпадает с формой родительного, а такое бывает только в том случае, если оно заменяет одушевленное существительное, что совершенно точно не применимо к чипсам. Следовательно, грамматически  верны только варианты с формой которые — в них винительный падеж совпадает с именительным. Это первый и третий вариант. Первый неудачен стилистически именно из-за совпадения форм падежей: в нем может быть прочитано сообщение о том, что  чипсы что-то выпекают и жарят, то есть являются активным деятелем.

Пунктуация верна.

Запятая не нужна: союз как имеет здесь значение «в качестве».

Здесь утверждается признак сотрудника, а кроме того, к прилагательному подобран синоним без не- (офисный), следовательно, правильно слитное написание: неполевой. 

Необходимо обособить поясняющий оборот: Наиболее распространенная операция в современной офтальмологической практике — факоэмульсификация катаракты — также является фактором риска для развития регматогенной отслойки сетчатки.

Правильно: контритог. Приставка контр- иноязычного происхождения (см. пункт 4а параграфа 11 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

Правильно с родительным падежом: не допускать выключения.

Союз как имеет здесь значение «в качестве», а значит, оборот с этим союзом не обособляется; поскольку однородные подлежащие выражены инфинитивами, между подлежащим и сказуемым ставится тире: Ваша задача как врача — не только лечить болезни, но и предотвращать их.