Да, слова зря и зреть 'видеть, глядеть' этимологически родственные. Зря по происхождению – деепричастие настоящего времени от зреть (т. е. буквально зря – 'глядя'). Это слово (книжное по происхождению) получило новое значение в народной речи. Н. М. Шанский предполагает, что современное значение зря 'напрасно' возникло из оборота делать на зря 'делать на глазок, как следует не рассмотрев'.

Не зря в значении "не напрасно" пишется раздельно. Наречие не требует обособления.

Если имеется в виду деепричастие от глагола зреть — то же, что "не глядя", то оно также пишется раздельно с не, но обособляется.

Лучше перестроить предложение, например: В конце этого пути нечто худшее, чем пустота, – зря потраченное время.

В этом предложении прямая речь внутри слов автора. В общем случае после такой прямой речи ставится только запятая, если она была необходима в месте разрыва вводящих слов автора (а в нашем примере она необходима, так как на этом месте оканчивается часть сложного предложения). Однако если прямая речь заканчивается многоточием, вопросительным или восклицательным знаком, вместо запятой ставится тире, сравним пример: Петр Михайлыч хотел сказать: «Не впутывайся ты, пожалуйста, не в свои дела!» – но промолчал (Ч.). Поэтому корректно: Хотя ей говорили: «Зря ты грустишь, зря не ешь и не спишь!» — она терпеливо ждала своего чуда.

Сравнительные обороты как прежде, как раньше обычно обособляются, но исключение составляют случаи, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу. В данном предложении пунктуация зависит от смысла: Я надеюсь и верю, как прежде, Что всё в жизни дано мне не зря (= я прежде надеялся и верил, я и сейчас надеюсь и верю) и Я надеюсь и верю как прежде, Что всё в жизни дано мне не зря (= надеюсь и верю в той же степени, что и прежде).

Запятая перед и нужна, поскольку и, как оказалось, не зря — присоединительный член предложения.

Ладья – неодушевленное существительное, поэтому верно: Ладьи не зря поставили в угол... В остальном предложение составлено правильно.