Верно: заведующая гостиницей.
Верно: заведующая амбулаторией.
См. ответ на вопрос № 194749.
Правильно: заведующая филиалом.
Запятая в обоих случаях не нужна.
В газете лучше: заведующая.
Здесь действует корректирующее правило: в сочетаниях с приложением, если одна из частей содержит пробел, вместо дефиса употребляется тире. Правильно: главный специалист – эксперт (ср.: специалист-эксперт), осмотрщик – ремонтник вагонов. О женщине в штатном расписании предпочтительно: заведующий канцелярией, т. к. в данном случае на первое место выдвигается сообщение о должности (безотносительно к полу называемого лица). См. также ответ на вопрос № 194749.
Такой вариант возможен. Но более употребительно: заведующая.
Правильно: заведующая музеем-мастерской.
О женщине - заведующая.