Правильно написание строчными буквами: почетная грамота.

Произносится: Поч[о]тная грамота. На письме употребление ё здесь факультативно, можно написать Почётная грамота и Почетная грамота.

Правильно: Почетная грамота Министерства образования РФ.

В разговорной речи допустим второй вариант. В тех случаях, когда должны соблюдаться нормы книжных стилей, перед названием нужно добавить родовое слово: на портале  «Грамота.ру».

Правильно: верительная грамота. Написание с двумя В – ошибка.

Слова грамота и грамматика пишутся по-разному, потому что пришли в русский язык в разное время и разными путями. Грамота – это очень старое заимствование из греческого языка. В греческом было слово gramma, означавшее «письменный знак», «буква». У этого слова была форма множественного числа grammata – то есть «буквы», «письмо». Вот это форма и стала нашей грамотой: мы немного изменили греческое слово на свой лад. А слово грамматика пришло к нам намного позже, в XVIII веке, из латинского языка. Оно тоже, конечно же, восходит к греческим словам grammata, grammatike, но в латинском языке сохранились две буквы «м».

Название портала "Грамота.ру" заключается в кавычки, а веб-адрес www.gramota.ru в кавычки не заключается.