Слово каракуль заимствовано в середине XIX века из тюркского языка, где оно восходит к топониму Кара-Куль (оазис около Бухары, где начали выводить соответствующую породу овец), сложению кара «чёрная» и кул «озеро» (ср. Иссык-Куль, буквально -- «горячее озеро»). Мех назван по месту его «производства». Слово каракульча -- производное от каракуль.
Запятая нужна.
Поскольку одно из подлежащих имеет форму множественного числа, верно: Главный технолог или лица, его замещающие, лично выводят персонал из помещений.
После второго из однородных обстоятельств, соединенных союзом не только... но и, запятая не нужна: Уникальные компоненты связывают токсичные вещества не только в желудке, но и в крови и выводят их естественным путем.