Пунктуация верна.
Второй вариант предпочтителен.
Эти слова синонимами не являются. Мерин – это кастрированный конь. То есть слово конь обозначает некий класс предметов, а слово мерин – элемент этого класса. Слова, значения которых соотносятся таким образом, в лингвистике называют гиперонимами и гипонимами соответственно. Другие примеры: дерево и береза, птица и воробей.
Да, такой перенос допускается (равно как и перенос под-оконник).
Возможны оба варианта.