Оборот с предлогом согласно находится не в начале и не в конце предложения. Это фактор его обособления (см. «Справочник по пунктуации» на нашем портале): На Ваш запрос сообщаю, что, согласно данным журнала регистрации, дело не поступало.
В этих предложениях нет обособленных оборотов, а потому перед вводным словом например ставится запятая по общему правилу.
Для вводных слов, стоящих в начале или в конце обособленного оборота, действительно есть особое правило. Оно изложено в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). По этому правилу знаки препинания в предложении должны быть расставлены так, как в материалах, на которые Вы ссылаетесь: Посреди поляны росло большое дерево, судя по всему вяз.
Приложение правда, относящееся к личному местоимению она, требует обособления; причастный оборот добытая с таким трудом относится к следующему затем сочетанию определения-прилагательного горькая и определяемого слова правда, а в таких случаях запятая перед прилагательным не ставится (см. параграф 38 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): Вот она, добытая с таким трудом горькая правда! Поскольку приложение распространено и стоит в конце предллжения, возможен вариант с тире вместо запятой: Вот она — добытая с таким трудом горькая правда!
Обороты с производными предлогами, например с предлогом в соответствии с, обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения (факторы, влияющие на постановку знаков препинания при таких оборотах, перечислены в приложении к справочнику по пунктуации). В Вашем случае обособить оборот целесообразно еще и для удобства чтения.
Ваше предложение представляет собой очень интересный случай. Любое из выбранных написаний может вызвать недоумение читателя. Фраза В заключение доклада автор допустил ошибку формально правильна, однако есть один нюанс. Предлог в заключение помимо значения 'в конце' может иметь целевой оттенок ('в конце, чтобы закончить, завершить'). Если предполагать такой оттенок значения, то фраза становится нелогичной. Написание В заключении доклада... возможно, если подразумевается заключительная часть доклада. Но обычно в таком сочетании используется предлог в заключение. Чтобы избежать недопонимания, лучше заменить проблемное сочетание на такое, которое будет восприниматься однозначно: в заключительной части доклада или в конце доклада, завершая доклад.
Действительно, в некоторых словах историческая приставка с- (со-) в современном русском языке может не выделяться, если утрачена структурно-смысловая связь с родственными словами без этой приставки. Так, А. Н. Тихонов в своем «Морфемно-орфографическом словаре» не выделяет приставку в словах созерцание, созерцать, так как в русском языке нет глагола зерцать, глагол созерцать непроизводный. Но в том же словаре выделена приставка в словах сотворение, сотворить, так как последнее образуется от глагола творить. Иной подход к морфемному членению слов, учитывающий ощущаемые носителями языка исторические смысловые связи, позволяет выделить приставку и в слове созерцать (см., например, ресурс «Портрет слова» на сайте Национального корпуса русского языка или «Орфографическое комментирование русского словаря»). На нашем портале морфемный состав многих слов показан в конце статей «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. И в заключение заметим, что приставка с- (со-) имеет разные значения, они описываются в толковых словарях. Наиболее подробное словарное описание можно прочитать в «Большом академическом словаре русского языка».
Возможны варианты:
- В связи с этим встает вопрос, чего можно ожидать от новой администрации США, насколько она готова к компромиссам.
- В связи с этим встает вопрос: чего можно ожидать от новой администрации США? Насколько она готова к компромиссам?
В таком случае точка после кавычек нужна (см. параграф 6.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Этот режиссер снял сериал «Сама виновата?».
Правила постановки знаков препинания при сочетании вводного слова и обособленного оборота изложены в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). В справочниках и специальной литературе не отмечено, что вводные слова разных семантических групп «ведут себя» в таких условиях по-разному.
Другое дело, что, если вводное слово находится в начале оборота, пишущему действительно хочется как-то выделить и сам оборот, и вводное слово. В этом случае одними только запятыми не обойтись, нужно использовать еще и тире. Такие ситуации подробно проанализированы в статье С. В. Друговейко-Должанской «О корректировке правил пунктуационного оформления вводных конструкций (тире перед вводными словами и словосочетаниями)» (#ТОТСБОРНИК: Сборник научных трудов по материалам Тотального диктанта. Новосибирск, 2017. Вып. 2. С. 132—145).