Слово Берлин лучше написать в скобках: Анна Фогель (Берлин) разработала методику...
Представляется, что здесь уместны кавычки: страны «оси» (раз города не указываются, роль конкретизатора возьмут на себя кавычки, они помогут обратить внимание читателя на это слово, подскажут читателю, что здесь имеется в виду какая-то особая «ось»).
Правильно: Восточный Берлин, Северный Афганистан.