По правилу запятая нужна.
Правильное название: йотированные (по названию буквы латинского алфавита йот).
Предпочтительно во мн. ч.
Запятая ставится (выделяется вводное слово).
Пробел нужен: т. е., ведь это сокращение двух слов, пишущихся раздельно: то есть.