Корректно: окончили.
Сочетание близко миллиона некорректно, его можно заменить на около миллиона.
Обратите внимание: второе предложение составлено неудачно. Местоимение их находится далеко от слова, к которому оно относится. Возможный вариант: В жизни растений важную роль играют насекомые. Их существует около миллиона видов – это самый многочисленный класс животного мира.
Если имеется в виду "первый или второй", то "класс". Если "первый и второй", то "классы".
Лучше так: программа 5-го и 6-го классов.