Верно: города Хабаровска.
Корректно: на площади (города) Ханты-Мансийска.
Правильно: панорама города Пятигорска.
Правильно: сорокапятиметровый.
Правильно: мэр города Магнитогорска (см. Горячую десятку вопросов).
Верно: города Санкт-Петербурга. Подробнее см. в "Письмовнике" на нашем портале.
Верно: города Самары.