Предлагаем вариант: Мы ценим долгосрочное и плодотворное сотрудничество, главными условиями которого считаем надежность партнеров и выполнение обязательств.
Действительно, фраза построена с ошибками. Верно: поблагодарить за сотрудничество. Слова "в этом направлении" - лишние.
Нужно обособить пояснение с союзом то есть: сотрудничество между двумя правительствами по дипломатическим, т.е. секретным, каналам происходило...
Оба варианта правильные.
Верно: взаимовыгодное сотрудничество.
Эта аббревиатура употребляется как существительное женского рода (такая фиксация – в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко).