Правильно: организовано проведение внепланового инструктажа работников.
Такая формулировка некорректна, предложение следует перестроить. Например: Стажировка проводится в течение первых 2—14 рабочих смен (дней)...
Оба варианта верны, но несколько различаются по смыслу.
В том издании «Грамматического словаря русского языка» А. А. Зализняка, которым мы пользуемся (5-е изд., М., 2008), слово инструктаж отнесено к типу 4а. Ударение на окончание не переходит: инструктажей, инструктажами.
Ударение на окончание не переходит. Правильно: инструктаж, инструктажа, инструктажу; инструктажи и т. д.
Запятая поставлена правильно. Странно звучит сочетание "инструктаж по выполнению инструкции".
Правильно: инструктажа.