Оборот с производным предлогом в отличие от факультативно может быть обособлен (подробнее см. «Справочник по пунктуации»). Форма родительного падежа существительного в сочетании не признает состояния корректна. Обратите внимание, что перед придаточной частью, даже заключенной в кавычки, нужно поставить запятую: ...должны применяться государствами, «даже если одно из государств не признает...
Пунктуация в предложении верна, знаки препинания в нем действительно не требуются.
Существительное день в предложном падеже действительно имеет именно такую форму: о дне, в дне, на дне. Предложения типа Мы будем на дне донора для разговорного стиля вполне нормальны.
Подобные конструкции, содержащие дополнительное замечание, уместнее оформить как вставки; вводное слово внутри вставки требует выделения: У многих (возможно, у всех) работников возьмут объяснительные; У многих (а возможно, даже у всех) работников возьмут объяснительные; У многих (даже, возможно, у всех) работников возьмут объяснительные.
Присоединительную конструкцию в конце предложения лучше отделить тире: Ещё двое лежали по сторонам — одна с игрушкой, вторая с телефоном без чехла.
В предложении Поезда Москва — Петропавловск-Камчатский не существует тире употреблено в функции соединения. Обратите внимание, что кавычки для обозначения маршрута поезда не нужны.
Сочетание подведомственные Минобрнауки РФ обособлено потому, что это определительный оборот (прилагательное подведомственный с зависимыми словами Минобрнауки РФ), стоящий после определяемого слова вузы.