Если нет необходимости подчеркнуть, что исполнителей было много, то нужно выбрать форму ед. числа, например: 39 проектов подготовлены к защите в пяти институтах и 39 проектов подготовлено к защите.
Обе формы сказуемого возможны.
См. здесь.
Возможны оба варианта, но они различаются по смыслу. В первом говорится о двух вариантах одного выступления; во втором – о двух проектах разных выступлений.
Правильно: пособие подготовлено.
Запятые нужны.
Да, такое употребление ошибочно. Верно: в несколько раз.
Возможны оба варианта.
Оба варианта верны.